Jezuité přišli do Prahy roku 1556. Na Novém Městě používali gotickou kapli Božího těla uprostřed Karlova náměstí, která stála od konce 14. století naproti dnešnímu kostelu sv. Ignáce. Kaple přešla po bitvě na Bílé hoře spolu s celou Pražskou univerzitou pod správu Tovaryšstva Ježíšova (Jezuité). Byla zbořena r. 1791. V Praze patřila ještě Jezuitům po r. 1620 Klementinská kolej s kostelem sv. Salvátora a konvikt u kostela sv. Bartoloměje na Starém Městě. Na Malé Straně profesní dům u kostela sv. Mikuláše.

Po příchodu do Prahy se Jezuitům podařilo získat pozemky i v severovýchodní části Karlova náměstí. Posléze zde vyrostl komplex, do něhož pařila kolej, kostel sv. Ignáce, zahrady, hospodářské budovy. Kolej na Novém Městě se začala budovat r. 1659 a kostel r. 1665. Kolej začali budovat od jižní strany, za dva roky byla dokončena jedna třetina koleje směrem k nynějšímu kostelu sv. Ignáce. Stavba koleje byla posléze přerušena. Začal se budovat kostel sv. Ignáce na nároží s ulicí Ječnou. Autorem stavby byl Carlo Lurago, od roku 1671 vedl stavbu Martin Reiner. Carlo Lurago se nechal při stavbě kostela inspirovat nejvýznamnější jezuitskou svatyní, římským kostelem Il Gesu. Kostel byl slavnostně vysvěcen roku 1678.

Roku 1687 byla dokončena zvonice za severovýchodním nároží kněžiště. Portikus v průčelí se sochami jezuitských světců, shromážděných kolem soch Krista, nesoucího kříž, byl dokončen r. 1699. Zvonici i portikus postavil synovec Carla Luraga Pavel Ignác Bayer. Skupina devíti nadživotních postav na portiku je ztělesněním jedné z verzí monogramu IHS (Iesum Habemus Socium – Ježíše máme soudruhem), který spolu se třemi hřeby a křížem, umístěném v plamenné aureole, tvoří řádový znak. Plastiky jsou z dílna Matěje Václava Jäckela. Štít v průčelí je ozdoben štukem provedeným Antoniem a Tommasem Soldatti. Na vrcholu štítu je socha zakladatele řádu Ignáce z Loyoly. V rukou drží otevřenou knihu s monogramem AMDG(Ad Maiorem Dei Gloriam – K větší slávě Boží). Zarámování sochy plamennou svatozáří je velmi neobvyklé. Koule s trojicemi plamenů po stranách této sochy symbolizují nadvládu Nejsvětější Trojice nad světem. Obelisky jsou barokními symboly dotyku Boží moci na tomto světě.

Kostel je jednolodní s bočními kaplemi a emporami nad nimi. Kněžiště je nehluboké, zaujme mohutný triumfální oblouk. Uprostřed na oblouku je zavěšena drapérie, v jejímž středu je paprsky obklopené srdce s monogramem IHS, které je nadnášeno anděly. Po stranách jsou čtyři erby, znaky příznivců kostela i přilehlé koleje.

Po obou stranách triumfálního oblouku jsou dva pseudobarokní oltáře Nejsv. Srdce Páně a Panny Marie z umělého mramoru, zhotovené r. 1860. Na klenbě lodi jsou štukové postavy jezuitských světců: směrem od triumfálního oblouku ke kruchtě dvojice sv. Františka Xaverského a sv. Fr. Borgiáše, sv. Stanislava Kostky a sv. Aloise Gonzagy. Nad těmito postavami na římse sedí vždy dva andělíčci s příslušnými atributy. Na špicích lunet jsou umístěny busty českých zemských patronů – sv. Václava, sv. Víta, sv. Ludmily, sv. Vojtěcha, sv. Prokopa a sv. Zikmunda.

Hlavní oltář. V jeho středu je obraz – Přijetí a oslavení sv. Ignáce v nebi od Jana Jiřího Heinsche z roku 1688. Postava Salvátora vzrušeným gestem ukazuje vzhůru k otevřenému nebi a shlíží na sv. Ignáce, který pod ním klečí v oblacích. Sv. Ignác je přijímán na nebesa za přítomnosti andělů, hrajících na nejrůznější hudební nástroje, Vysoké podstavce sloupů oltáře jsou zdobeny zlacenými reliéfy ze života sv. Ignáce. Na podstavcích stojí sochy sv. Petra a Pavla. Andělé u jejich nohou drží jejich atributy. Na klenbě je freska Posledního soudu. Pět nástěnných obrazů z r. 1875 namaloval Jan Umlauf a představují podobenství o marnotratném synu. Na barokním oltáři je obraz Ukřižovaného s dušemi v očistci od J.J. Heinsche. V oltářní mense je Boží hrob se sochou mrtvého Krista z poloviny 18. století.

Boční kaple. První kaple vpravo je zasvěcena Všem věrným zemřelým, nazývaná Dušičková. Vznikla roku 1685 a jediná zasahuje hluboko do kolejní budovy. Roku 1686 sem byly přeneseny z kaple Božího těla ostatky pohřbených významných osob.

Kaple P. Marie Piekarské. Na rokokovém oltáři je kopie obrazu P. Marie Piekarské ze známého slezského poutního místa Piekary. Jezuité získali obraz do Prahy v době velkého moru r. 1680. Čtyři rokokové sochy sv. Jana Křtitele, sv. Josefa, sv. Jáchyma a sv. Zachariáše dodala do výklenků dílna F.I. Weise r. 1741.

Kaple sv. Barbory. Celá patří svatým pannám a mučednicím. Na oltáři je sv. Barbora jako přímluvkyně za šťastnou hodinu smrti. Obraz maloval Ignác Viktorin Raab v 70 – tých letech 18. století. Po stranách obrazu jsou sochy sv. Kateřiny a sv. Lucie. Na svatostánku je malý obrázek sv. Doroty ze 17. století. Rokokové sochy v nikách sv. Agáty, sv. Afry, sv. Anežky Římské a sv. Tekly jsou z dílny I.F. Platzera z r. 1770. Fresky na klenbě alegoricky oslavují panenské ctnosti. Na dlažbě je náhrobní kámen patřící Bedřichu Leopoldovi Věžníku z Věžník, který sem byl přenesen z kaple Božího Těla.

Kaple sv. Františka Borgiáše vznikla na místě provizorní sakristie r. 1717. Oltářní obraz je od I.V. Raaba a ukazuje třetího generála řádu jezuitů jako ctitele eucharistie a Panny Marie Sněžné. Skupina Boha Otce s hlavičkami andílků nad obrazem je dílo Richarda Jiřího Prachnera z r. 1740. Na oltářní menze je sousoší Piety z první čtvrtiny 18. století.

Vedle vstupního portálu na levé straně je Lurdská jeskyně. Vznikla r. 1948, sochu P. Marie vyřezal Heřman Kotrba, stejně jako sochy sv. Terezie z Lisieux a sv. Antonína Paduánského.

Pod varhanní kruchtou visí obrazy sv. Víta a zavraždění sv. Václava od Jana E. Vodňanského z roku 1741 i Kalvárie z r. 1765 od J.A. Quittanera a obraz Ecce homo ze 17. stol.

Na konci schodiště na kruchtu stojí barokní plastiky sv. Veroniky z r. 1699, sousoší Kalvárie, rokoková poprsí zemských patronů a plastiky P. Marie Bolestné a sv. Jana. První kaple vlevo sousedící s Lurdskou jeskyní je zasvěcena sv. Liboriovi. Sv. Liborius byl biskup ze 4. století, patron proti ledvinovým a žlučníkovým kamenům. Jako mocný přímluvce je zachycen na obrazu Ignáce V. Raaba ze 70 let 18. století. Sochy ve výklencích pochází z konce 18. století. Kaple sv. Aloise Gonzagy . (Jezuita, nar. 1568 v Castiglione. Patron studující mládeže). Rokokový oltář je velmi zdobný. V nádstavci je plastika anděla strážného, andělíčci přidržují obrázek sv. Aloise Gonzagy od I.V .Raaba. V nikách jsou sochy sv. Judy Tadeáše, sv. Ondřeje a sv. Jáchyma z dílny M.V. Jäckela. Nad vchodem do kaple sv. Fr. Xaverského je dodatečně zavěšený obraz sv. Ignáce adorujícího Nejsv. Trojici od J.J. Heinsche z r. 1687.

Kaple sv. Františka Xaverského se vztahuje k apoštolské a misijní činnosti jezuitského řádu. Z r. 1697 je oltář tří japonských mučedníků.V nikách jsou sochy sv. Petra, Pavla, sv. Ondřeje a sv. Judy Tadeáše s barokní sochou sv. Josefa. Na oltáři je obraz Smrt sv. Fr. Xaverského od I.V. Raaba. Nad svatostánkem je menší obraz sv. Tekly.

Kapli Českých patronů zřídila r. 1685 vdova Helena Barbora z Martinic. Kaple má několik oltářů z různých dob. Oltář sv. Jana Nepomuckého vznikl r. 1719 ještě před světcovou kanonizací. V nádstavci oltáře je obrázek od J.J. Heinsche se sv. Josefem. Na oltářní menze je sousoší sv. Anny samatřetí. Na moderním oltáři ze 40 tých let 20. století je raně barokní socha sv. Václava od J.J. Bendla (1678). Ve výklenku je socha Krista nesoucího kříž z r. 1700. Na jižní straně je jedno z nejvýznamnějších děl J.J. Heinsche: Zázrak při převážení těla sv. Václava z Boleslavi do Prahy z roku 1692. Obraz byl původně určen pro kostel sv. Václava na Malostranském náměstí.

Kazatelna je rokoková z umělého mramoru. Tři ženské alegorie teologických ctností zdobí řečniště. Naděje s kotvou, Víra s křížem a Láska s hořícím srdcem. Stříšku zdobí socha Krista Dobrého pastýře. Čtyři andílci drží symboly papežského úřadu. Vše je dílem R.J. Prachnera.z r. 1700. Rozsáhlá sakristie je z r. 1717. Byla zřízena nákladem hraběte ze Šternberka, je vyzdobená bohatou a jemnou štukaturou.

Za Josefa II. došlo ke zrušení kostela. Jezuité se sem vrátili r. 1886, pro své potřeby ještě zakoupili blízký dům v Ječné ulici. Působili zde až do r. 1950.

Dnes objekty vlastní město, po r. 2000 proběhla v kostele rozsáhlá rekonstrukce.