Od roku 1232 tu bylo sídlo Dominikánů. Z vůle samého papeže bylo při jejich klášteře zřízeno r.1366 Vysoké teologické učení, velmi významné, jelikož fungovalo pro celý řád, který sídlil ve všech evropských zemích.

Po husitských válkách byl klášter zničen a ujali se o sto let později se ujali dědictví Dominikánů Jezuité, kteří tu začali budovat velkou církevní pevnost. Do Prahy přišli r. 1556.

Skoro dvě století pracovali na výstavbě a výzdobě tohoto stavebního komplexu, největšího na pražském pravém břehu.

Je to celá soustava budov, uvnitř rozdělená čtyřmi nádvořími s vysokou věží hvězdárny. Na místě středověkého kostela sv. Klimenta byl vybudován nový kostel sv. Klimenta s Vlašskou kaplí, kostel sv. Salvátora, Zrcadlová kaple, knihovna, hvězdárna a tiskárna.

Koslel sv. Salvátora – má raně barokní bohatou fasádu se sochami J.J. Bendla a štuky Domenica Galliho. Trojlodní chrám s kupolí a dvěma věžemi  je upravený původní renesanční kostel, jedna z prvních staveb jezuitů.

Kostel sv. Klimenta, nyní sloužící  pravoslavné církvi, patří svým interiérem k nejlepším pracem pražského baroka. Stavitelem je František Kaňka.

Vlašská kaple spojená portikem s kostelem sv. Klimenta sloužila  potřebám v Praze usazených Italů.

Zrcadlová kaple (podle zrcadel, která tu visí po stěnách, aby kapli rozšiřovala) je zasvěcená Panně Marii,  dnes slouží jako koncertní sál.

Nad ní je Knihovní sál, zdobený freskami barokního malíře Jana Hiebla. V Knihovním sále jsou umístěny i vzácné glóbusy. V předsálí je m.j. umístěna kopie Kodexu Vyšehradského z roku 1085, na který přísahali při korunovacích čeští králové. Nad knihovním sálem je Hvězdárenská věž. Z jejího ochozu do r. 1918 oznamovali vyvěšením praporu poledne. To byl signál pro výstřel z děla a potom se teprve rozezněly pražské zvony.. Hvězdárenská věž je práce F. Kaňky. Na jejím vrcholu je socha Atlanta.

Od roku 1775 se soustavně sleduje každý den v Klementinu počasí. Vznikla unikátní řada, počasí se zde za stejných podmínek, sleduje dodnes.

Univerzita v Praze:  Po Bílé hoře bylo Jezuitům (roku 1622),  kteří měli vlastní Vysoké učení v Klementinu, předáno i Karolinum. 17. listopadu 1653,  podle dekretu císaře Ferdinanda III., došlo ke sloučení    Klementina a Karolina pod jednu Univerzitu Karlo – Ferdinandovu. V Klementinu byly fakulty filozofická a bohoslovecká, v Karolinu právnická a lékařská.

Když Josef II. zrušil jezuitský řád, začala nová historie Klementina. Do Klementina se začaly svážet knihy ze zrušených řádových kolejí a klášterů. Tyto nové knižní fondy, spolu se starší knihovnou Klementina a knihovnou z Karolina se staly základem Univerzitní knihovny, dnes Národní knihovny ČR.